El FC. St Pauli disfruta de cierta fama por el carácter antifascista de sus hinchas: la mayor parte de los hinchas del equipo se consideran a sí mismos como antirracistas, antifascistas y antisexistas, y esto en ocasiones les ha traído conflicto con neonazis y hooligans. La organización tiene una postura abierta contra el racismo, el fascismo, el sexismo, y la homofobia y ha incorporado esta posición en sus estatutos. Los partidarios del equipo tradicionalmente participan en manifestaciones en el distrito de St. Pauli, incluyendo aquellos sobre el alojamiento de bajos ingresos como el Hafenstraße y Bambule. El centro de actividad de los fans es el Fanladen St. Pauli.
El orgullo del club, es tener el número más grande de admiradoras en todo el fútbol alemán. En 2002, la publicidad para la revista de hombres "Maxim", fue retirada del estadio en respuesta a las protestas de hinchas, sobre las imágenes sexistas de mujeres en los anuncios.
El St. Pauli es también un símbolo mundial para el punk y subculturas relacionadas.2 El logo no oficial y los jerseys marrones y blancos del equipo a menudo eran llevados por artistas internacionales como Asian Dub Foundation. Turbonegro grabó una versión especial de su canción Conseguí la Erección con la letra adaptada en alemán para el St. Pauli. Bad Religion jugó un partido de caridad contra el tercer equipo de St. Pauli en el año 2000.3 El líder de KMFDM, Sascha Konietzko es natural de Hamburgo y reconocido hincha del St. Pauli, una vez coloco un enorme cuadro de un puño que rompe una esvástica en la página principal de su banda, con el título St. Pauli gegen Rechts! (St Pauli contra los Nazis). Uno de los hinchas más notables es Andrew Eldritch, el líder de la banda The Sisters of Mercy. En su última gira, Sisters Bite The Silver Bullet en el 2006, Eldritch llevó la famosa camisa Totenkopf. Músicos alemanes, como: Fettes Brot, Die Ärzte, el cantante Bela B, Kettcar, Tomte y muchas otras bandas son hinchas reconocidos del St. Pauli.
Los partidos del St. Pauli en el Millerntor-Stadion tienen un promedio de asistencia mayor que cualquier otro equipo en la segunda división alemana, y a menudo superior que los de equipos de primera división. Un estudio reciente estimó que el equipo tiene aproximadamente 11 millones de admiradores en todas partes de Alemania.4 El club también es famoso por sus estrechos vínculos con el Celtic FC de Glasgow (Escocia). De hecho, muchos seguidores del St Pauli acuden a ver partidos de competiciones organizadas por la UEFA en Europa Central. Cuando el Celtic juega en casa, se pueden apreciar muchas bufandas del St Pauli en la grada, e incluso la tienda oficial online del Celtic vende productos del St Pauli.
Hay aproximadamente 200 clubs de fans certificados, muchos de ellos fuera de Alemania. El mayor "fanclub" fuera de Alemania y el que más ha viajado al estadio Millerntor y al barrio de St. Pauli es la Peña "El Grano" de Valladolid, la cual organizó un viaje masivo en el año 2010 con motivo del centenario del F.C. St. Pauli.
